Утилита Disc Copy

Если работаете с реальным агатом - сперва разберитесь с тем, чтобы он сам по себе, без эмулятора, работал с физическими дисками. Попробуйте форматирование диска, последующее тестирование (контрольное чтение) и т.д.
Там может быть много вопросов, например, к блоку питания - нет ли лишних пульсаций, к контроллерам дисководов - может там что-то проглючивает...
Я уже не говорю об износе самого дисковода.

Например, если процент ошибок возрастает на внутренних дорогах, то это почти наверняка износ головок (скорее для 140ки, особенно за 30 треком) либо (только для 840ки) - может быть проблема с линиями регулировки сдвига фазы импульсов при записи (неисправность контроллера 840ки). Если 840ка равномерно плохо работает по всей поверхности - скорее всего головы виноваты.
Головки у дисководов чистые ?

Неплохо было бы тщательно протестировать ОЗУ штатными тестами.

А марка дискет почти не имеет значения, главное - они должны быть стандартой плотности (не высокой !!) и не крошиться на головку. На выскоплотные запись будет сильно зависеть от удачи - бывает пишутся нормально, бывает -  нет. Можно смотреть по этикетке, но вроде бы ещё была такая примета: высокоплотные не имеют дополнительного утолщающего кольца у центрального отверстия.

ИЗОТ часто шли в комплекте с агатами, они были не плохи (по сравнению с Электроникой), но не более того.

Если работаете с ИКП, попробуйте из бейска команду INIT или INIT HELLO, а потом в ИКП-шном копировщике сделайте тестирование диска.

Попробуйте зайти в "Ассемблер" и оттуда сохранить какой нибудь файл (РЕД, Сохранить файл), а потом попробуйте опять же в Копировщике протестировать диск.

Фактически, в ИКП три разных драйвера дисковода - у вас уже будет какая-то более подробная картина, чем сейчас.

IMHO, в ИКП поддержка 140ки сделана хуже, чем в dos33. Во время выхода ИКП уже была 840ка и, вероятно, именно ей чаще пользовались, так что драйвера 140ки остались слегка недотестированными. Но это вряд ли будет приводить к случайным сбоям отдельных секторов.
Более вероятно, что баги там массивнее: например, драйвер может зависнуть и снести целиком сразу дорожку с диска.

> А есть софтина под реальный АГАТ которая показывает состояние диска и секторов визуально?

Я надеялся что Игорь что нибудь ответит, но, похоже, никто из нас не знает о подобном.

Вероятно, это умеет только агат-copy, если речь о полноэкранной карте.
Если просто о списках сбоев - то есть несколько прог.
Я сам писал когда-то для 140ки блокировщик сбоев: он искал сбойные сектора и объявлял их занятыми. FORMAT от FRS тоже умеет при форматировании помечать сбойные треки.

Есть ещё прога copy track и 200 штук её клонов - она показывала карту трека (причем она показывала, что конкретно она считает сбоем в секторе (CRC, прологи полей и т.д)). Были её версии, которые работали по группе треков. Но сама концепция этой проги (управление головкой флопа, позволяющей двигать с шагом меньше одного трека и восстановление данных таким путём) предполагала поддержку только 140ок.

Все эти проги - не образы дисков, а просто файлы. И чтобы ими пользоваться, нужно будет разбираться с их вариантами, подбирать для них операционки и т.д.
copy track - это для семёрки, Бейсик-60. Но может быть есть и версии, которые заработают в ИКП. Они сильно завязаны на драйвер дисковода из dos33 - могут вызывать его по каким-то недокументированным адресам - так что всё может быть, надо смотреть код и вникать. Есть ещё КОПИТРЕК - версия под Школьницу. Я только ей пользовался.
Но она точно не ходит по всему диску. Разве что если допилить.

Мои проги - только под Бейсик-60 и 140кб.
FRS FORMAT вроде работал в ИКП, наверное ему всё равно под семёркой или девяткой - но он только для 840ок.

агат-copy, вероятно, не использует дос для работы, но важно, чтобы он не загружался на системные области, иначе дос его и не сможет загрузить - погибнет раньше. Это всё тоже нужно изучать.